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可极化力场的理解

2024-6-13 10:01| 发布者: admin| 查看: 105| 评论: 0|来自: Reviews in Computational Chemistry, Volume 28, First Edition. Edited by Abby L. Parrill and Kenny B. Lipkowitz.

摘要: 传统的分子力场是一种固定的原子电荷模型,这种原子电荷模型是采用一种“预极化”凝聚相进行平均得到。但是原子电荷获取通常是使用精度低的量子力学方法进行处理,这样会高估原子电荷作用。因此,这种模型缺乏描述由 ...
传统的分子力场是一种固定的原子电荷模型,这种原子电荷模型是采用一种“预极化”凝聚相进行平均得到。但是原子电荷获取通常是使用精度低的量子力学方法进行处理,这样会高估原子电荷作用。因此,这种模型缺乏描述由于多体极化效应而引起的静电变化的能力,而多体极化效应已被证明是分子间力的重要组成部分。即电荷分布在模拟之前就设置好,并且在模拟过程中一直保持不变,但是模拟电解液过程中考虑Li+从溶剂化结构进出会有较大的影响,所以使用可极化力场可能会更加精准。

AMOEBA:主要应用于生物分子体系,原子多体极化是采用永久极化+感应原子的多体极化偶极子模型。
价键相互作用包括键长、键角、二面角和离平面作用,采用传统分子力场的函数进行处理
vdW作用由一个buffered-14-7函数描述
原子的多极矩由电荷、偶极矩和四极矩组成,它们是从从头算量子力学计算中得到的,使用的程序如Stone的分布式多极分析(DMA)。
多阶矩使原子和分子外部静电势的各向异性表示成为可能,通过原子偶极感应明确地考虑了极化效应。永久原子多极和感应偶极的结合使AMOEBA能够准确地捕获气相和凝聚态中的静电相互作用。根据从头算气相数据和凝聚相实验性质,同时优化了AMOEBA的vdW参数。
目前该力场可应用的软件有TINKER/OpenMM/AMBER/ForceField X

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