gmx densmap [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]] [-od [<.dat>]] [-o [<.xpm>]] [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>] [-[no]w] [-bin <real>] [-aver <enum>] [-xmin <real>] [-xmax <real>] [-n1 <int>] [-n2 <int>] [-amax <real>] [-rmax <real>] [-[no]mirror] [-[no]sums] [-unit <enum>] [-dmin <real>] [-dmax <real>] gmx-densmap计算2D数字密度图。它可以制作平面和轴向径向密度图。例如，输出.xpm文件可以用xv可视化，也可以用xpm2ps转换为postscript。可选的，输出可以是带-od的.dat文件的文本形式，而不是通常带-o的.xpm文件。 程序默认计算选定的一组原子在xy平面内的2D数密度映射图. 可以使用-aver选项改变平均方向. 当设定了-xmin和/或-xmax时, 计算时只会考虑平均方向上处于限制范围之内的原子. 使用-bin设置格点间距. 当-n1或-n2取非零值时, 格点尺寸由该选项决定. 计算时考虑了盒子尺寸的涨落. 当设定了-amax和-rmax选项时, 会计算轴径向数密度映射图. 应提供三个组, 前两个组的质心用与定义轴线, 第三个组为要分析组. 轴向范围从-amax至+amax, 中心为两质心的中点, 并且正方向为第一组的质心到第二组的质心. 径向范围从0到rmax. 当指定了-mirror选项时, 径向范围从-rmax至+rmax.输出的标准化是用-unit选项设置的。默认情况下会产生真实的数字密度。单位nm-2省略了用于平均或角度方向的归一化。选项计数为每个网格单元生成计数。如果不希望输出中的刻度从零变为最大密度，可以使用选项-dmax设置最大值。 指定输入文件的选项： -f[<.xtc/.tr/…>]（traj.xtc） 轨迹：xtc trr cpt gro g96 pdb tng -s[<.tpr/.gro/…>]（拓扑.tpr）（可选） 结构+质量（db）：tpr gro g96 pdb brk ent -n[<.ndx>]（索引.ndx）（可选） 索引文件 指定输出文件的选项： -od[<.dat>]（densmap.dat）（可选） 通用数据文件 -o[<.xpm>]（densmap.xpm） X PixMap兼容矩阵文件 其他选项： -b<time>（0） 从轨迹读取第一帧的时间（默认单位为ps） -e<time>（0） 从轨迹读取的最后一帧的时间（默认单位为ps） -dt<time>（0） 仅当t MOD dt=第一次时使用帧（默认单位ps） -[no]w（yes） 查看输出.xvg、.xpm、.eps和.pdb文件 -bin＜real＞（0.02） 网格大小（nm） -aver＜enum＞（z） 平均方向：z，y，x -xmin＜real＞（-1） 求平均值最小的坐标点 -xmax<real>（-1） 求平均值最大的坐标点 -n1<int>（0） 第一个方向上的网格单元数 -n2<int>（0） 第二个方向上的网格单元数 -amax＜real＞（0） 距中心的最大轴向距离 -rmax<real>（0） 最大径向距离 -[no]mirror（yes） 在轴下方添加镜像 -[no]sums（yes） 将密度总和（1D映射）打印到标准输出 -unit<enum>（nm-3） 输出单位：nm-3，nm-2，count -dmin＜real＞（0） 输出中的最小密度 -dmax<real>（0） 输出中的最大密度（0表示计算） gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -od densmap1.dat -o densmap1.xpm *此时只会生成 densmap1.dat文件，后续的xpm无法生成，所以使用时注意
gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap1.xpm gmx xpm2ps -f densmap1.xpm -o densmap1.eps -rainbow blue 使用时，输入了-od就不能再输入-o ，使用-o 就不要用-od
gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap2.xpm -b 2000 -e 2000 gmx xpm2ps -f densmap2.xpm -o densmap2.eps -rainbow blue 查看的这个是某帧的结构
gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap3.xpm -bin 1 gmx xpm2ps -f densmap3.xpm -o densmap3.eps -rainbow blue gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -od densmap3.dat -bin 5 gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -od densmap3-1.dat -bin 1 gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -od densmap3-2.dat -bin 0.1
网格变大数据点就会变少，没啥事就不需要调整这个地方 gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap4.xpm -aver y gmx xpm2ps -f densmap4.xpm -o densmap4.eps -rainbow blue gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap5.xpm -aver z gmx xpm2ps -f densmap5.xpm -o densmap5.eps -rainbow blue -aver y是求平面xz -aver x是求平面yz -aver z是求平面xy（默认值） gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap6.xpm -xmin 1 gmx xpm2ps -f densmap6.xpm -o densmap6.eps -rainbow blue gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap7.xpm -xmax 0.2 gmx xpm2ps -f densmap7.xpm -o densmap7.eps -rainbow blue gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap8.xpm -xmin 0.5 -xmax 0.6 gmx xpm2ps -f densmap8.xpm -o densmap8.eps -rainbow blue 最大最小密度问题 gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap9.xpm -n1 10 gmx xpm2ps -f densmap9.xpm -o densmap9.eps -rainbow blue gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap10.xpm -n2 10 gmx xpm2ps -f densmap10.xpm -o densmap10.eps -rainbow blue gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap11.xpm -n1 10 -n2 10 gmx xpm2ps -f densmap11.xpm -o densmap11.eps -rainbow blue n1是x轴的个数 n2是y轴的个数 gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap12.xpm -amax 1 -rmax 1 gmx xpm2ps -f densmap12.xpm -o densmap12.eps -rainbow blue gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap13.xpm -amax 1 -rmax 0.1 gmx xpm2ps -f densmap13.xpm -o densmap13.eps -rainbow blue gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap14.xpm -amax 0.1 -rmax 1 gmx xpm2ps -f densmap14.xpm -o densmap14.eps -rainbow blue 搞清楚轴和轴线 然后分析体系 就可以理解选组 gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap15.xpm -mirror -amax 1 -rmax 1 gmx xpm2ps -f densmap15.xpm -o densmap15.eps -rainbow blue 在做径向时，再加镜像，有啥意义没？不清楚 gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap16.xpm -sums gmx xpm2ps -f densmap16.xpm -o densmap16.eps -rainbow blue 将密度累加值(1D映射图)输出到屏幕 gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap17.xpm -unit nm-2 gmx xpm2ps -f densmap17.xpm -o densmap17.eps -rainbow blue gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap18.xpm -unit count gmx xpm2ps -f densmap18.xpm -o densmap18.eps -rainbow blue 看标尺，数值变化 gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap19.xpm -dmin 20 gmx xpm2ps -f densmap19.xpm -o densmap19.eps -rainbow blue gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap20.xpm -dmax 50 gmx xpm2ps -f densmap20.xpm -o densmap20.eps -rainbow blue gmx densmap -f npt.trr -s npt.tpr -o densmap21.xpm -dmax 50 -dmin 20 gmx xpm2ps -f densmap21.xpm -o densmap21.eps -rainbow blue 标尺的数值进行筛选设定 |
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