gmx hbond [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-num [<.xvg>]] [-g [<.log>]] [-ac [<.xvg>]] [-dist [<.xvg>]] [-ang [<.xvg>]] [-hx [<.xvg>]] [-hbn [<.ndx>]] [-hbm [<.xpm>]] [-don [<.xvg>]] [-dan [<.xvg>]] [-life [<.xvg>]] [-nhbdist [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>] [-tu <enum>] [-xvg <enum>] [-a <real>] [-r <real>] [-[no]da] [-r2 <real>] [-abin <real>] [-rbin <real>] [-[no]nitacc] [-[no]contact] [-shell <real>] [-fitstart <real>] [-fitend <real>] [-temp <real>] [-dump <int>] [-max_hb <real>] [-[no]merge] [-acflen <int>] [-[no]normalize] [-P <enum>] [-fitfn <enum>] [-beginfit <real>] [-endfit <real>] gmx-hbond计算和分析氢键。氢键是基于氢-供体-受体的角度（零被扩展）和供体-受体（或使用-noda的氢-受体）的距离的截止来确定的。OH和NH基团被视为供体，O始终是受体，默认情况下N是受体，但这可以使用-nitacc进行切换。假定虚设氢原子连接到前面的第一个非氢原子。 您需要指定两个组进行分析，这两个组必须相同或不重叠。分析了两个基团之间的所有氢键。 如果您设置了-shell，您将被要求提供一个额外的索引组，该索引组应该只包含一个原子。在这种情况下，只考虑与一个原子相距壳层距离内的原子之间的氢键。 通过选项-ac，氢键的速率常数可以用Luzar和Chandler的模型导出（Nature 379:551996；J.Chem.Phys.113:232000）。如果通过使用-contact选项来分析接触动力学，则n（t）可以被定义为在时间t不在接触距离r内的所有对（对应于将-r2选项保留在默认值0）或在距离r2内的所有配对（对应于使用选项-r2设置第二截止值）。有关更多详细信息和定义，请参阅上述文献。 gmx hbond程序用于分析所有可能的施体D和受体A之间的 氢键 (HB). 分析时使用几何准则决定氢键的存在与否
参考值 rHB=0.35nm,对应于SPC水模型RDF的第一极小位置(参看图 8.3). gmx hbond程序以下面的方式分析两组原子(它们必须相同或没有重叠)或指定的施体-氢-受体之间所有可能存在的氢键:
水对氢键的插入. (1) 两残基间正常的氢键. (2) 通过一个水分子形成的氢键桥. -num：作为时间函数的氢键数目Time~Num。 -ac：所有氢键的存在函数（0或1）的所有自相关的平均值。 -dist：所有氢键的距离分布。 -ang：所有氢键的角度分布。 -hx：作为时间函数的n-n+i氢键的数量，其中n和n+i代表残基数量，i的范围为0至6。这包括与蛋白质中的螺旋相关的n-n+3、n-n+4和n-n+5氢键。 -hbn：所有选定的基团，所选基团的供体、氢和受体，所有基团的所有氢键原子和所有参与插入的溶剂原子。 -hbm：所有框架上所有氢键的存在矩阵，它还包含溶剂插入氢键的信息。排序与-hbn索引文件中的排序相同。 -dan：写下每个时间段分析的供体和受体的数量。这在使用-shell时特别有用。 -nhbdist：计算每个氢的HBonds数量，以便将结果与拉曼光谱进行比较。 注意：选项-ac、-life、-hbn和-hbm需要的内存量与所选组中供体总数乘以受体总数成比例。 指定输入文件的选项： -f[<.xtc/.tr/…>]（traj.xtc） 轨迹：xtc trr cpt gro g96 pdb tng -s[<.tpr>]（拓扑.tpr） 可移植的xdr运行输入文件 -n[<.ndx>]（索引.ndx）（可选） 索引文件 指定输出文件的选项： -num[<.xvg>]（hbnum.xvg） xvgr/xmgr文件 -g[<.log>]（hbond.log）（可选） 日志文件 -ac[<.xvg>]（hbac.xvg）（可选） xvgr/xmgr文件 -dist[<.xvg>]（hbdist.xvg）（可选） xvgr/xmgr文件 -ang[<.xvg>]（hbang.xvg）（可选） xvgr/xmgr文件 -hx[<.xvg>]（hbhelix.xvg）（可选） xvgr/xmgr文件 -hbn[<.ndx>]（hbond.ndx）（可选） 索引文件 -hbm[<.xpm>]（hbmap.xpm）（可选） X PixMap兼容矩阵文件 -don[<.xvg>]（donor.xvg）（可选） xvgr/xmgr文件 -dan[<.xvg>]（danum.xvg）（可选） xvgr/xmgr文件 -life[<.xvg>]（hblife.xvg）（可选） xvgr/xmgr文件 -nhbdist[<.xvg>]（nhbdist.xvg）（可选） xvgr/xmgr文件 其他选项： -b<time>（0） 从轨迹读取第一帧的时间（默认单位为ps） -e<time>（0） 从轨迹读取的最后一帧的时间（默认单位为ps） -dt<time>（0） 仅当t MOD dt=第一次时使用帧（默认单位ps） -tu＜enum＞（ps） 时间值的单位：fs、ps、ns、us、ms、s -xvg＜enum＞（xmgrace） xvg绘图格式：xmgrace、xmgr、none -a<real>（30） 截止角（角度，氢-供体-受体） -r<real>（0.35） 截止半径（nm，X-受体，见下一个选项） -[no]da (yes) 使用距离供体受体（如果为TRUE）或氢受体（FALSE） -r2<real>（0） 第二个截止半径。主要用于-contact和-ac -abin<real>（1） 角度分布间隔宽度（角度） -rbin＜real＞（0.005） 距离分布间隔宽度（nm） -[no]nitacc（yes） 将N原子视为受体 -[no]contact (no) 不要寻找氢键，只需寻找截止距离内的触点 -shell＜real＞（-1） 当>0时，仅计算一个粒子周围#nm壳层内的氢键 -fitstart＜real＞（1） 开始拟合相关函数的时间（ps），以便获得HB断裂和形成的正向和反向速率常数。使用-gemfit，我们建议-fitstart 0 -fitend＜real＞（60） 停止拟合相关函数以获得HB断裂和形成的正向和反向速率常数的时间（ps）（仅使用-gemfit） -temp <real> (298.15) 用于计算对应于HB断裂和重整的吉布斯能的温度（K） -dump <int> (0) 将前N个氢键ACF转储到单个.xvg文件中进行调试 -max_hb<real>（0） 用于归一化HB自相关函数的理论最大氢键数。在程序估计错误的情况下可能有用 -[no]merge (yes) 同一供体和受体之间但具有不同氢的氢键被视为单个氢键。主要对ACF很重要。 -nthreads<int>（0） 自相关上用于并行循环的线程数。nThreads<=0表示最大线程数。需要与OpenMP链接。线程数量受内核数量（OpenMP v.3之前）或环境变量OMP_THREAD_LIMIT（OpenMP v.3）的限制 -acflen<int>（-1） ACF的长度，默认为帧数的一半 -[no]normalize (yes) 标准化ACF -P<enum>（0） ACF的勒让德多项式阶数（0表示无）：0，1，2，3 -fitfn＜enum＞（无） 拟合函数：none、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9 -beginfit<real>（0） 开始相关函数的指数拟合的时间 -endfit <real> (-1) 结束相关函数的指数拟合的时间，-1是直到结束 gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -num hbnum.xvg -g hbond.log -ac hbac.xvg -dist hbdist.xvg -ang hbang.xvg -hx hbhelix.xvg -hbn hbond.ndx -hbm hbmap.xpm -don donor.xvg -dan danum.xvg -life hblife.xvg -nhbdist nhbdist.xvg 全部执行会发现很多东西无法进行执行 gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -num hbnum.xvg
gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -g hbond.log(没有生成hbond.log，而是生成hbnum.xvg) gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -ac hbac.xvg(还是会生成hbnum.xvg) gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -dist hbdist.xvg
gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -ang hbang.xvg(还是会生成hbnum.xvg) gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -hx hbhelix.xvg
gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -hbm hbmap.xpm gmx xpm2ps -f hbmap.xpm -o hbmap.eps -rainbow blue gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -life hblife.xvg
第一列（横坐标）是时间 第二列大抵是氢键能连续保持这么长时间不断掉的几率 第三列是前两列相乘 gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -da yes -num hbnum1.xvg gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -da no -num hbnum2.xvg 使用距离分析供体-受体（yes）或氢-受体（no） gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -nitacc yes -num hbnum1.xvg gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -nitacc no -num hbnum2.xvg 如果N不作为受体肯定会减少 |
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