gmx make_ndx

索引组对于几乎每个GROMACS程序都是必要的。所有这些程序都可以生成默认的索引组。您只需要在需要SPECIAL索引组时使用gmx make_ndx。整个系统有一个默认的索引组，蛋白质有9个默认索引组，每隔一个残基名称就会生成一个默认索引群。

当没有提供索引文件时，gmx make_ndx也将生成默认组。使用索引编辑器，您可以选择原子、残基和链的名称和数字。当提供运行输入文件时，您还可以选择on atom类型。您可以使用布尔运算，您可以将组拆分为链、残基或原子。您可以删除和重命名组。有关详细信息，请在编辑器中键入“h”。

编辑器和索引文件中的原子编号从1开始。

双开关以-natoms的偏移量复制所有索引组，这对于计算电生理双层膜设置非常有用。

另请参阅gmx select-on，它提供了构造索引组的另一种方法。它几乎涵盖了gmx make_ndx的所有功能，在许多情况下甚至更多。

指定输入文件的选项：

-f[<.gro/.g96/…>]（conf.gro）（可选）

结构文件：gro g96 pdb brk ent esp tpr

-n[<.ndx>[…]]（索引.ndx）（可选）

索引文件

指定输出文件的选项：

-o[<.ndx>]（索引.ndx）

索引文件

其他选项：

-natoms<int>（0）

设置原子数（默认值：从坐标或索引文件读取）

-[no]twin (no)

复制偏移量为-natoms的所有索引组

make_ndx程序可用来选择原子组(要分析的某些特定原子或残基的ID标签)并创建索引文件. GROMACS已经定义了一些默认的组, 对普通分析可能够用了, 但如果你想进行更深入的分析, 如为了在模拟中固定某些特定的组, 或获得某些组的特殊能量信息, 则需要使用make_ndx程序来指定这些组. 运行make_ndx后, 可使用r选择残基, a选择原子, name对多组进行改名, 还可以使用|表示或运算, &表示与运算. 下面是几个简单的例子:

r 56: 选择56号残基

r 1 36 37: 选择不连续的残基

r 3-45: 选择3至45号残基, 使用连接符指定残基标号范围

r 3-15 | r 23-67: 选择3至15, 23至67号残基

r 3-15 & 4: 选择3至15号残基的主干链原子, 在索引文件中, 4号组为默认的主干链.

r 1-36 & a C N CA: 使用包含&的命令指定只包含骨架原子的残基范围

新建索引组的默认名称(如r_1_36_37)很繁琐, 可以使用name命令进行修改. 如name 15 Terminal可将组15的名称改为Terminal. 修改后我们可以使用v命令查看名称是否修改成功, 使用q命令保存修改并退出. 需要注意的一点就是, 对make_ndx的选择, 处理是由左向右依次执行的, &和|没有优先级别之分. 如r 1-3 | r 5-9 & CA会先选择1-3, 5-9号残基, 再从中选择CA原子。

Examples:

 > 2 | 4 & r 3-5             selects all atoms from group 2 and 4 that have residue numbers 3, 4 or 5

 > a C* & !a C CA            selects all atoms starting with 'C' but not the atoms 'C' and 'CA'

 > "protein" & ! "backb"     selects all atoms that are in group 'protein' and not in group 'backbone'

nr：按数字或带引号的字符串选择索引组。字符串首先与整个组名称相匹配，然后对抗开始，最后对抗任意子字符串。多重匹配是一个错误。

a nr1 [nr2…]：选择原子，原子编号从1开始。

a nr1-nr2：选择从nr1到nr2范围内的原子。

a name1[*] [name2[*]…]：按名称“？”选择原子匹配任何字符，名称末尾允许使用通配符“*”。

t type1[*] [type2[*]…]：作为“a”，但对于类型，需要运行输入文件。

r nr1[ic1] [nr2[ic2]…]：通过数字和插入代码选择残基。

r nr1-nr2：选择从nr1到nr2范围内的残基。

r name1[*] [name2[*]…]：作为“a”，但用于残基名称。

ri nr1-nr2：选择从nr1到nr2范围内的残差索引，1-索引（与数字相反）。

chain ch1[ch2…]：按链标识符选择原子，无法将.gro文件作为输入。

！：取一个群相对于所有输入文件中的原子。

& |：AND和OR，可以放在任意选项之间在上面，输入是从左到右处理的。

name nr name：将组nr重命名为name。

del nr1[-nr2]：删除从nr1到nr2范围内的一个或多个组。

keep nr:删除除nr以外的所有组。

case：使所有名称比较区分大小写。

splitch nr：使用CA距离将组拆分为链。

splitres nr：将基团拆分成残基。

spliat nr：将基团分裂成原子。

res nr：将组中的数字解释为残数

Enter：列出当前定义的组和命令

l：列出残基。

h：显示此帮助。

q：保存并退出。