gmx rdf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-cn [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>] [-tu <enum>] [-fgroup <selection>] [-xvg <enum>] [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf <file>] [-selrpos <enum>] [-seltype <enum>] [-bin <real>] [-norm <enum>] [-[no]xy] [-[no]excl] [-cut <real>] [-rmax <real>] [-surf <enum>] [-ref <selection>] [-sel <selection>] gmx rdf计算从一个参考位置集（用-ref设置）到一个或多个位置集（用-sel设置）的径向分布函数。要计算相对于-ref中集合中最近位置的RDF，请使用-surf：如果是集合，则根据-surf的值将-ref划分为多个集合，并使用每个集合中最近的位置。要计算与z轴平行的轴周围的RDF，即仅在x-y平面中，请使用-xy。 要设置要在RDF中使用的bin宽度和最大距离，请分别使用-bin和-rmax。如果RDF不感兴趣，则后者可用于限制计算成本，直到默认值（有PBC时为盒子大小的一半，没有PBC时是盒子大小的三倍）。 要使用拓扑中的排除项（-s），请设置-excl并确保-ref和-sel都只选择原子。排除分子内峰的一个更粗略的选择是将切割设置为非零值，以在小距离清除RDF。 RDFs通过1）-ref中位置的平均数量（具有-surf的组的数量）、2）分格宽度的体积和3）该选择的-sel位置的平均粒子密度进行归一化。要更改规一化，请使用-normal： rdf：使用所有因子进行归一化。这将生成一个正常的RDF。 number_density：使用前两个因子。这产生了作为距离函数的数字密度。 none：只使用第一个因子。在这种情况下，RDF只根据分格宽度进行缩放，以使曲线的积分表示一个范围内的对数。 请注意，排除不会影响规范化：即使设置了-excl，或者-ref和-sel包含相同的选择，规范化因子仍然是N*M，而不是N*（M-excluded）。 对于-surf，提供给-ref的选择必须选择原子，即不支持质心。此外，-norm是隐含的，因为分格宽度具有不规则的形状，并且分格宽度的体积不容易计算。 选项-cn产生累积数RDF，即距离r内粒子的平均数。 在统计力学中，多粒子系统（原子、分子、胶体……）中， 径向分布函数（又称对关联函数）描述粒子密度作为距参考原子的距离的函数如何变化。 如果给定粒子当做原点，体系平均粒子数密度为 ρ=N/V，则距原点为r处的局部时间平均的密度为 ρ*g(r) 。这是对均匀的各向同性系统的简化定义。 简言之，这是对于距参考粒子距离为r处找到粒子的相对概率的测量，参考态是理想气体。一般的算法是计算在距参考原子 r 到 r+dr 这样的壳层里有多少粒子。如概述图，深红为参考粒子，蓝色为找到的粒子，在 r 到 r+dr 的范围（虚线表示）。 通常先计算所有粒子之间的距离，然后做柱状图，再后用理想气体的同样的柱状图归一化。三维中，归一化因子为 ρ*4π*r^2dr。 给定势函数，则可以通过计算或实验得到 g(r)。通过Kirkwood–Buff solution theory径向分布函数可以将微观特征与宏观性质相联系。
指定输入文件的选项： -f[<.xtc/.trr/…>]（traj.xtc）（可选） 输入轨迹或单个配置：xtc trr cpt gro g96 pdb tng -s[<.tpr/.gro/…>]（拓扑.tpr）（可选） 输入结构：tpr gro g96 pdb brk ent -n[<.ndx>]（索引.ndx）（可选） 额外索引组 指定输出文件的选项： -o[<.xvg>]（rdf.xvg） 计算的RDF -cn[<.xvg>]（rdf_cn.xvg）（可选） 累计RDF 其他选项： -b<time>（0） 从轨迹读取的第一帧（ps） -e<time>（0） 从轨迹读取的最后一帧（ps） -dt<time>（0） 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 -tu＜enum＞（ps） 时间值的单位：fs、ps、ns、us、ms、s -fgroup＜selection＞ 存储在轨迹文件中的原子（如果未设置，则假设前N个原子） -xvg＜enum＞（xmgrace） 绘图格式：xmgrace、xmgr、none -[no]rmpbc（yes） 使每个帧的分子完整 -[no]pbc（yes） 使用周期边界条件进行距离计算 -sf＜file＞ 提供文件中的选择 -selrpos<enum>（atom） 选择参考位置：atom、res_com、res-cog、mol_com、mol_cog、whole_res_com、whole_res_cog、whole _mol.com、whole_mol_cog、part_res_com，part_res_cog，part_mol-cog，dyn_res_cog，dyn-res_cog -seltype＜enum＞（原子） 默认选择输出位置：atom、res_com、res-cog、mol_com、mol_cog、whole_res_com、whole_res_cog、whom_mol.com、whole_mol_cog、part_res_com，part_res_cog，part_mol.com，part_mo_cog，dyn_res_cog，dyn-res_cog -bin＜real＞（0.002） 分格宽度（nm） -norm＜enum＞（rdf） 规范化：rdf，number_density，none -[no]xy（no） 仅使用距离的x和y分量 -[no]excl (no) 使用拓扑中的排除 -cut<real>（0） 考虑的最短距离（nm） -rmax<real>（0） 要计算的最大距离（nm） -surf＜enum＞（no） 参考表面的RDF：no，mol，res -ref＜selection＞ RDF计算的参考选择 -sel＜选择＞ 从引用中计算RDF的选择 whole的意思是你选中了一个分子/残基的一部分，他会去计算整个分子/残基的质心 dyn就是你选中多少算多少的 比如你用距离选中了一批原子，但是有的残基只选中了一半，那dyn就只算哪一半的 part的意思就是找交集，比如你选的在一个残基里就选这个残基，你选的在一个分子里就选中整个分子 part和dyn只有动态选区才会有区别 否则part就是dyn 比如你选择一个位置附近多少的原子 dyn是每次都准确选择你选择范围里的原子 其实有点像VMD的那个轨迹更新选择 mol_com与whole_mol_com是一个意思 gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf1.xvg -cn rdfcn1.xvg gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf2.xvg -cn rdfcn2.xvg -selrpos mol_com -seltype mol_com gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf2-2.xvg -cn rdfcn2-2.xvg -selrpos mol_cog -seltype mol_cog gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf3.xvg -cn rdfcn3.xvg -selrpos dyn_mol_com -seltype mol_com gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf4.xvg -cn rdfcn4.xvg -selrpos mol_com -seltype dyn_mol_com gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf5.xvg -cn rdfcn5.xvg -selrpos dyn_mol_com -seltype dyn_mol_com gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf6.xvg -cn rdfcn6.xvg -selrpos mol_com -seltype mol_com -rmpbc gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf7.xvg -cn rdfcn7.xvg -selrpos mol_com -seltype mol_com -rmpbc -pbc gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf8.xvg -cn rdfcn8.xvg -selrpos mol_com -seltype mol_com -bin 0.01 gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf9.xvg -cn rdfcn9.xvg -selrpos mol_com -seltype mol_com -norm number_density gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf10.xvg -cn rdfcn10.xvg -selrpos mol_com -seltype mol_com -norm none gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf11.xvg -cn rdfcn11.xvg -selrpos mol_com -seltype mol_com -xy gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf12.xvg -cn rdfcn12.xvg -selrpos mol_com -seltype mol_com -cut 1 gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf13.xvg -cn rdfcn13.xvg -selrpos mol_com -seltype mol_com -rmax 3 gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf14.xvg -cn rdfcn14.xvg -selrpos mol_com -seltype mol_com -cut 1 -rmax 3 gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf15.xvg -cn rdfcn15.xvg -surf mol gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf16.xvg -cn rdfcn16.xvg -excl gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -o rdf17.xvg -cn rdfcn17.xvg -selrpos mol_com -seltype mol_com -rmpbc gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -o rdf18.xvg -cn rdfcn18.xvg -selrpos mol_com -seltype mol_com -rmpbc -pbc gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -o rdf17-2.xvg -selrpos mol_com -seltype mol_com 选择OW和OW gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf19.xvg -cn rdfcn19.xvg -selrpos mol_com -seltype mol_com -n index.ndx gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf20.xvg -cn rdfcn20.xvg -selrpos dyn_mol_com -seltype mol_com -n index.ndx gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf21.xvg -cn rdfcn21.xvg -selrpos mol_com -seltype dyn_mol_com -n index.ndx gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf22.xvg -cn rdfcn22.xvg -selrpos dyn_mol_com -seltype dyn_mol_com -n index.ndx gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf23.xvg -cn rdfcn23.xvg -selrpos mol_com -seltype mol_cog -n index.ndx gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf24.xvg -cn rdfcn24.xvg -selrpos mol_cog -seltype mol_com -n index.ndx gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf25.xvg -cn rdfcn25.xvg -selrpos mol_cog -seltype mol_cog -n index.ndx gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf26.xvg -cn rdfcn26.xvg -selrpos part_mol_com -seltype part_mol_com -n index.ndx gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf27.xvg -cn rdfcn27.xvg -selrpos part_mol_com -seltype mol_com -n index.ndx gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf28.xvg -cn rdfcn28.xvg -selrpos mol_com -seltype part_mol_com -n index.ndx 如果是非原子体系不设置com或者cog会把键也算上去，所以1的数目会比2多很多 选项-cn生成RDF累积数, 也就是在r距离范围内的平均粒子数
加大了bin,趋势一样，就是缩小了点，往前移动了一点，因为搜索的间隔发生了一定的变化
number_density(对体积和密度进行归一化)与rdf也是一样的趋势，后续都会趋近于水平线，rdf趋近于1 加none就是冇得归一化操作，不断上涨
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