gmx sasa

2024-6-13 16:36| 发布者: admin| 查看: 1824| 评论: 0|来自: GROMACS手册

摘要: gmx sasa ] ] ] ] ] ] ] ] ] rmpbc] pbc] prot] gmx-sasa计算溶剂可及表面积。参见考Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos P, Sander C, Scharf M, J.Comput. Chem. 16, 273-284 (1995)。 ...

gmx sasa [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]

[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [-or [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]]

[-tv [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b <time>] [-e <time>]

[-dt <time>] [-tu <enum>] [-fgroup <selection>]

[-xvg <enum>] [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf <file>]

[-selrpos <enum>] [-probe <real>] [-ndots <int>] [-[no]prot]

[-dgs <real>] [-surface <selection>] [-output <selection>]

gmx-sasa计算溶剂可及表面积。参见考Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos P, Sander C, Scharf M, J.Comput. Chem. 16, 273-284 (1995)。对于所使用的算法。使用-q，Connolly曲面也可以在.pdb文件中生成，其中节点表示为原子，连接最近节点的边表示为CONECT记录-odg允许根据每个暴露表面积的每个原子的溶剂化能来估计溶剂化自由能。

程序要求选择要用-surface指定的曲面计算。这应该总是由系统中的所有非溶剂原子组成。始终计算此组的面积。可选地，-output可以指定其他选择，这些选择应该是计算组的子集。这些基团的溶剂可及区域也从整个表面提取。

轨迹上面积的平均值和标准偏差可以按残留物和原子计算（选项-or和-oa）。

使用-tv选项，可以计算分子的总体积和密度。使用-pbc（默认值），您必须确保您的分子/表面基团不会在pbc中分裂。否则，你会得到毫无意义的结果。还请考虑正常探头半径在这种情况下是否合适，或者您是否更愿意使用，例如0。最好记住体积和密度的结果是非常近似的。例如，在冰Ih中，可以很容易地将水分子放入孔中，这将产生过低的体积，以及过高的表面积和密度。

溶剂可及表面积是描述蛋白质疏水性的重要参数, 氨基酸残基的疏水性是影响蛋白质折叠的重要物理作用. 输出文件area.xvg中有四列, 分别代表: 总表面积, 极性表面积, 非极性表面积, 溶剂化自由能. 最后一项是根据原子所属类型来定义的。

蛋白质可被溶剂接近的表面积，通常称为溶剂可接近表面（SAS）或溶剂可接近表面积（SASA）。这可以进一步分为亲水性SAS和疏水性SAS。此外，可以将SAS与一些经验参数一起使用以获得溶剂化自由能的估计值。这四个参数全部由程序g_sas计算。该程序还允许计算每个残基和/或每个原子随时间的平均SAS。运行以下命令，同时为要计算SAS的组和输出组都指定Protein，并查看输出文件。

溶剂可及表面积(SASA)是描述蛋白质疏水性的重要参数。可利用gmx sasa计算蛋白质的溶剂可及表面积:

gmx sasa -s md.tpr -f md.xtc -o area.xvg -or resarea.xvg -oa atomarea.xvg

疏水、亲水溶剂可及表面积：

gmx sasa -f md.xtc -s md.tpr -surface 'group protein' -output '"Hydrophobic" group protein and charge {-0.2

to 0.2}; "Hydrophilic" group protein and not charge {-0.2 to 0.2}' 按照原子电荷在-0.2~0.2区间作为疏水区域，其它作为亲水区域。

-surface 后面定义为被计算的组，-output 后面定义单独输出哪些部分。

问题：观察loop1（残基53-62），那些残基最容易被溶剂接近？

指定输入文件的选项：

-f[<.xtc/.trr/…>]（traj.xtc）（可选）

输入轨迹或单个配置：xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s[<.tpr/.gro/…>]（拓扑.tpr）（可选）

输入结构：tpr gro g96 pdb brk ent

-n[<.ndx>]（索引.ndx）（可选）

额外索引组

指定输出文件的选项：

-o[<.xvg>]（area.xvg）

总面积随时间变化

-odg[<.xvg>]（dgsolv.xvg）（可选）

作为时间函数的估计溶剂化自由能

-or[<.xvg>]（resarea.xvg）（可选）

每个残基的平均面积

-oa[<.xvg>]（atomarea.xvg）（可选）

每个原子的平均面积

-tv[<.xvg>]（volume.xvg）（可选）

总体积和密度随时间变化

-q[<.pdb>]（conolly.pdb）（可选）

Connolly曲面的PDB文件

其他选项：

-b<time>（0）

从轨迹读取的第一帧（ps）

-e<time>（0）

从轨迹读取的最后一帧（ps）

-dt<time>（0）

仅当t MOD dt==第一次（ps）时才使用帧

-tu＜enum＞（ps）

时间值的单位：fs、ps、ns、us、ms、s

-fgroup＜selection＞

存储在轨迹文件中的原子（如果未设置，则假设前N个原子）

-xvg＜enum＞（xmgrace）

绘图格式：xmgrace、xmgr、none

-[no]rmpbc（yes）

使每个帧的分子完整

-[no]pbc（yes）

使用周期边界条件进行距离计算

-sf＜file＞

提供文件中的选择

-selrpos<enum>（atom）

选择参考位置：atom、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com，part_res_cog，part_mol_cog，dyn_res_cog，dyn-res_cog

-probe<real>（0.14）

溶剂探针的半径（nm）

-ndots<int>（24）

每个球体的点数，点数越多意味着精度越高

-[no]prot（yes）

将蛋白质也输出到Connolly.pdb文件

-dgs<real>（0）

单位面积溶剂化自由能的默认值（kJ/mol/nm^2）

-surface <selection>

曲面计算选择

-output <selection>

输出选择

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area.xvg -odg dgsolv.xvg -or resarea.xvg -oa atomarea.xvg -tv volume.xvg -q conolly.pdb

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -surface 'group p5' -output '"Hydrophobic" group p5 and charge {-0.2 to 0.2}; "Hydrophilic" group p5 and not charge {-0.2 to 0.2}'

在win中，cmd和powershell没用识别不了，要用gitbash来做，如果这个地方没有检测出来，删掉就好了，说明都是疏水的

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -surface 'group p5' -output '"Hydrophobic" group p5 and charge {-0.2 to 0.2}'

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -q conolly.pdb -surface 'group p5' -output '"Hydrophobic" group p5 and charge {-0.2 to 0.2}'

使用了-output还是可以使用其他的输出选项

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area.xvg -q conolly1.pdb -probe 0.14

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area.xvg -q conolly2.pdb -probe 0.5

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area.xvg -q conolly3.pdb -probe 1

使用的probe数值越大，检测的表面会越大