过渡态搜索需要基于框架的文件(例如,.arc文件或.xtd文件)作为输入。因此,即使您可以在此对话框上设置选项,但在提供适当的文件之前,您将无法启动作业。 当对周期性系统执行转换状态搜索时,单胞是固定的。 QST计算根据.xtd文档中当前选定的帧来估计实际过渡状态。如果这与产物或反应物相同,它将选择倒数第二帧作为过渡状态估计。 反应物取自轨迹的第一帧,产物取自轨迹的最后一帧。如果选择QST计算,则最后一帧旁边的帧将用于QST中点。由这些过渡状态搜索中的任何一个生成的.arc文件都可以用作QST的输入。 在这种情况下,DMol3分别使用反应物和产物的第一帧和最后帧,并将过渡状态的最佳猜测放在最后帧的下一帧。 Search protocol:选择将执行的同步传输类型。 Quality:为原子上的均方根力设置几何体优化收敛阈值。 RMS convergence:根据梯度的RMS,指定考虑进行收敛的值。 Max. number QST steps:设置允许的最大QST最大化周期数。 Optimize reactants and products:指定TS搜索计算中反应物和产品的输入结构应优化到局部最小值。选择此选项允许TS搜索从“原始”轨迹开始,其中反应物和产物结构尚未优化。 这种选择可能会导致反应物和产物结构与输入结构显著偏离,因此建议您仔细检查最终路径。 LST Maximum-执行单个LST最大化,将反应物和产物之间的最大值括起来。 Halgren-Lipscomb-执行LST最大化,然后执行单行搜索最小化。 LST/Optimization-执行LST最大化,然后执行全共轭梯度最小化。 Complete LST/QST(默认)-执行LST,然后重复共轭梯度最小化和QST最大化,直到找到过渡状态。 QST / Optimization-从QST开始,执行重复的最大化和共轭梯度最小化,直到找到过渡状态。 |
Powered by Discuz! X3.5
© 2001-2024 Discuz! Team.