“Setup”选项卡允许您配置“Minimum Energy Path”任务的基本设置。您可以使用它来使用及其相应的路径计算过渡状态,或者运行推压弹性带(NEB)计算。 Run mode:指定要运行的任务。默认值=完整路径。选项包括: Full Path:运行双端转换状态搜索。如果需要,该模式首先优化反应物和产物,然后进行NEB计算,然后对所有识别的候选图像进行过渡状态优化,最后在过渡状态的两侧找到局部最小值。该过程重复指定的路径循环次数,或者直到找到反应物和产物之间的连接路径。 Nudged Elastic Band:使用指定的图像和迭代次数,仅在反应物和产物之间执行NEB计算。 TS Path:执行单端搜索以优化过渡状态的现有猜测,然后找到鞍点两侧的局部最小值。 注意:当Run模式为Full Path或Nudged Elastic Band时,输入文档可以是: 使用“ Reaction Preview”对话框创建的轨迹文档,使用第一帧和最后一帧作为反应物和产物。 一份收集文件,其中指定了反应物和产物物理系统,原子顺序相同。 TS路径模式可以使用包含名为TS的物理系统的集合文档、单个3D原子文档或轨迹中的活动帧作为输入。 Number of path cycles:指定要执行的完整路径循环数。默认值为1。 如果“Run”模式为“Full Path”,则只能指定路径循环数。 Optimize reactants and products:指定在开始过渡状态搜索之前是否收敛反应物和产品结构。默认值=选中。当未选中“Optimize reactants and products”且“Run”模式为“Full Path”时,只有当初始和最终结构具有符合指定阈值的最大力时,才进行计算。 Compare energies only:指定在确定之前是否观察到过渡状态或局部最小值时,是否仅基于能量来比较结构。默认设置为未选中。对于涉及多个分子的反应,请选择“Compare energies only”。通常存在需要与后续路径循环单独识别的旋转一致性,即使它们与速率限制步骤无关。 仅当“Run”模式为“Full Path”时,才能指定是否比较能量。 Use trajectory as initial guess:指定是否使用当前轨迹作为文档初始化推压弹性带计算。只有当活动文档是具有两个以上帧的轨迹时,此选项才可用。在这些情况下,对话框还会报告NEB图像的数量。 Determine NEB parameters automatically:确定是否根据第一个连接周期中的路径长度自动计算NEB图像和最大迭代次数。在简单的反应中,通常从几个图像和迭代中获得过渡状态猜测就足够了,而不是完全收敛的DNEB。默认设置为未选中。只有在“Run”模式为“Full Path”时,才能指定是否自动确定NEB参数。 Images:NEB图像的数量。默认值=10。 Iterations:NEB迭代的最大次数。默认值=50。 当您选择自动确定NEB参数时,无法更改NEB图像和迭代次数。 当“Use trajectory as initial guess”可用时,图像的数量由轨迹固定。 您仍然可以显式指定迭代次数,或者计算可以自动确定。 “Advanced”选项卡允许您对“Minimum Energy Path”任务进行详细控制。您可以使用它来计算过渡状态及其相应的路径,或者运行微推弹性带(NEB)计算。 TS candidates:指定在NEB计算结束时用于过渡状态搜索的候选者图像。默认值=最高图像。选项包括: Highest Image:使用路径上的最高图像作为过渡状态的唯一候选图像。 Local Maxima:使用在NEB计算中找到的所有局部最大值作为过渡状态搜索的单独起点。这对于加速复杂能源景观的计算特别有用。 如果“Run”模式为“Setup”选项卡上的“Connect Cycles”,则只能指定TS candidates。 NEB spring constant:确定NEB弹簧常量。默认值=0.03 Ha/Å2。 RMS Force Convergence:RMS力收敛 这些选项指定最小能量路径计算的不同部分的收敛标准。 Stationary points:过渡状态和局部结构最小优化的收敛准则。默认值为3e-4 Ha/Å。 NEB:NEB方法的收敛性。对于完整路径模式,这只提供了过渡状态的粗略估计,因此不要指定非常严格的值。默认值=0.003 Ha/Å。 如果“Run”模式是“Setup”选项卡上的“Full Path”或“TS Path”,则只能指定固定点收敛阈值。 当运行模式为TS路径时,不能指定NEB收敛阈值。 Structure Comparison:结构比较 这些选项指定了标准,以确定过渡状态或能量最小值是否对应于新结构,或者它是否是以前识别的。能量标准区分结构。将几何验证用于异构化反应,但不用于缔合、离解和交换反应。 Energy difference:指定用于确定固定点是否为新点的能量比较阈值。默认值=0.002公顷。 Structure difference:指定识别同一结构时允许的笛卡尔坐标差异。默认值=1.0Å。 只有当“Run”模式为“Full Path”时,才能指定能量差。 如果“Run”模式为“Full Path”,并且在“Setup”选项卡上未选中“Compare energies only ”,则只能指定“Structure”差异。 确保在异构化反应或固体和表面的扩散过程中考虑到结构差异。 然而,包括结构差异对于缔合、离解和交换反应可能不是很有用。在这些情况下,虽然所识别的反应物、产物和过渡态可能是正确的,但与初始输入相比,物种的任何平移位移都可能导致几何结构差异的报告。 |
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