Minimum Energy Path

2024-6-19 14:29| 发布者: admin| 查看: 62| 评论: 0|来自: MS手册

摘要: “Setup”选项卡允许您配置“Minimum Energy Path”任务的基本设置。您可以使用它来使用及其相应的路径计算过渡状态，或者运行推压弹性带（NEB）计算。Run mode：指定要运行的任务。默认值=完整路径。选项包括：Full ...

“Setup”选项卡允许您配置“Minimum Energy Path”任务的基本设置。您可以使用它来使用及其相应的路径计算过渡状态，或者运行推压弹性带（NEB）计算。

Run mode：指定要运行的任务。默认值=完整路径。选项包括：

Full Path：运行双端转换状态搜索。如果需要，该模式首先优化反应物和产物，然后进行NEB计算，然后对所有识别的候选图像进行过渡状态优化，最后在过渡状态的两侧找到局部最小值。该过程重复指定的路径循环次数，或者直到找到反应物和产物之间的连接路径。

Nudged Elastic Band：使用指定的图像和迭代次数，仅在反应物和产物之间执行NEB计算。

TS Path：执行单端搜索以优化过渡状态的现有猜测，然后找到鞍点两侧的局部最小值。

注意：当Run模式为Full Path或Nudged Elastic Band时，输入文档可以是：

使用“ Reaction Preview”对话框创建的轨迹文档，使用第一帧和最后一帧作为反应物和产物。

一份收集文件，其中指定了反应物和产物物理系统，原子顺序相同。

TS路径模式可以使用包含名为TS的物理系统的集合文档、单个3D原子文档或轨迹中的活动帧作为输入。

Number of path cycles：指定要执行的完整路径循环数。默认值为1。

如果“Run”模式为“Full Path”，则只能指定路径循环数。

Optimize reactants and products：指定在开始过渡状态搜索之前是否收敛反应物和产品结构。默认值=选中。当未选中“Optimize reactants and products”且“Run”模式为“Full Path”时，只有当初始和最终结构具有符合指定阈值的最大力时，才进行计算。

Compare energies only：指定在确定之前是否观察到过渡状态或局部最小值时，是否仅基于能量来比较结构。默认设置为未选中。对于涉及多个分子的反应，请选择“Compare energies only”。通常存在需要与后续路径循环单独识别的旋转一致性，即使它们与速率限制步骤无关。

仅当“Run”模式为“Full Path”时，才能指定是否比较能量。

Use trajectory as initial guess：指定是否使用当前轨迹作为文档初始化推压弹性带计算。只有当活动文档是具有两个以上帧的轨迹时，此选项才可用。在这些情况下，对话框还会报告NEB图像的数量。

Determine NEB parameters automatically：确定是否根据第一个连接周期中的路径长度自动计算NEB图像和最大迭代次数。在简单的反应中，通常从几个图像和迭代中获得过渡状态猜测就足够了，而不是完全收敛的DNEB。默认设置为未选中。只有在“Run”模式为“Full Path”时，才能指定是否自动确定NEB参数。

Images：NEB图像的数量。默认值=10。

Iterations：NEB迭代的最大次数。默认值=50。

当您选择自动确定NEB参数时，无法更改NEB图像和迭代次数。

当“Use trajectory as initial guess”可用时，图像的数量由轨迹固定。

您仍然可以显式指定迭代次数，或者计算可以自动确定。