Ensemble:选择用于动力学计算的热力学系综。对于周期性系统,可用选项包括: NVE-在固定体积和恒定能量下的动力学。 NVT-动态在固定的体积与恒温器,以保持恒定的温度。 NPH-使用气压计保持恒定压力的动力学。 NPT-具有恒温器以保持恒定温度和稳压器以保持恒定压力的动态特性。 对于非周期性系统,只有NVE和NVT系综可用。默认值=NVE。 Temperature:指定模拟的目标温度,单位为K。默认值=298.0 K。 Thermostat parameter:指定恒温器松弛时间(单位:ps)。该值应该小于平衡时间,但太小的值可能会导致非物理振荡行为。默认值=0.1 ps。 仅当选择了NVT或NPT组合时,才会启用恒温器参数控制。 Pressure:指定在模拟过程中要应用于周期单元的外部静水压力,单位为GPa。默认值为0.0 GPa。 Barostat parameter:指定气压计弛豫时间(单位:ps)。该值应该小于平衡时间,但太小的值可能会导致非物理振荡行为。默认值=0.1 ps。 只有在选择了NPT或NPH组合时,压力和气压调节器参数控制才会启用。 Equilibration time:指定在生产阶段之前用于平衡动能和势能分布的模拟时间,单位为ps。默认值=1.0 ps。 Production time:指定用于收集生产数据以进行后续分析的模拟时间(以ps为单位)。默认值=5.0 ps。 Time step:指定每个动力学步长的时间(以fs为单位)。默认值为1.0 fs。 Number of steps:指定要执行的动力学步骤数。默认值=5000。 Frame output every:指定将帧写入轨迹文件的频率。默认值=5000。 |
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