Units:指定要使用的单位类型,选项为“Physical”和“Reduced”。物理单位是基于Å、ps、原子质量单位和kcal/mol的Mesocite和Forsite的常用单位。Reduced单位是DPD的特殊单位,其中长度单位通常取为相互作用截止半径rc,精度单位为一个珠,能量单位为适当参考温度(通常为298K)下的kBT。 更多打开“Mesocite DPD单位”对话框,此对话框仅在“Units”设置为“Reduced”时可用。 Initial velocities:选择用于DPD计算的速度初始化方法。可用选项包括: Random-将初始速度设置为温度相关高斯分布中的随机值(默认值)。 Current-将初始速度设置为当前在结构上定义的值。 Temperature:这是模拟的目标温度。物理单位是K,约化单位是能量标度除以玻尔兹曼常数kB。 Time step:指定珠子位置和动量更新之间的时间量。 时间步长的选择是计算时间和精度之间的权衡。在许多关于DPD的早期出版物中使用了以减少单位表示的默认值0.05。然而,最近的工作表明,应使用较小的值(如0.01)来获得压缩性等量的准确结果。 Total simulation time:显示步数与时间步长的乘积。 Number of steps:指定应执行模拟的动力学步骤数。若要覆盖默认值,请在文本框中键入新值,或使用旋转控件更改步数。 Frame output every:指定将帧写入轨迹文件的频率。 Dissipation strength:这是耗散力的强度(γ)。 Dissipation radius:这是耗散力(rc)的范围。中细晶DPD允许耗散力和保守力的rc不同。但是,除非有特殊要求,否则建议对两种力类型使用相同的值。 Enable shearing:这包括模拟中的剪切。 Shear rate:应用于系统的剪切速率,单位为ps-1或换算单位。 Shear direction (plane):剪切流的方向和剪切平面,选项有: B(BC) C(BC) C(AC) 要在A方向上剪切,或在B方向上剪切AB平面,可以使用“重新定义晶格”对话框排列晶格矢量,使新的B(或C)矢量指向剪切方向,而新的BC(或AC)平面对应于剪切平面。 Length scale:缩减单位制中的长度单位。这通常应等于相互作用截止半径rc,该半径与珠粒的直径相当。默认值=8Å。 Mass scale:简化单位制中的质量单位。这通常应该等于一个珠子的质量。默认值为100 amu。 Energy scale:减少单位制中的能量单位。默认值为0.59219 kcal/mol,选择该值是为了使降低的温度1对应于298 K。通常不需要修改此参数。 Time scale:缩减单位制中的时间单位。这与其他数量的关系如下: tref=rref√(mref/Eref) 其中,rref、mref和Eref分别是参考长度、质量和能量。 |
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