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2024-6-21 21:27| 发布者: admin| 查看: 102| 评论: 0|来自: MS手册

摘要: Forcefield:从下拉列表中选择一个力场。Mesocite中可用的力场有MS Martini、MS Martini 3和Shinoda2007。除了标准力场之外,上述列表还可以用自定义力场进行补充。通过选择“Browse...“添加自定义力场,从“Forcef ...

Forcefield:从下拉列表中选择一个力场。Mesocite中可用的力场有MS Martini、MS Martini 3和Shinoda2007。

除了标准力场之外,上述列表还可以用自定义力场进行补充。通过选择“Browse...“添加自定义力场,从“Forcefield“下拉列表的底部,这将显示“Choose Forcefield“对话框,允许您将自定义力场添加到列表中。

更多提供对“Mesocite准备选项”对话框的访问,该对话框包含为计算准备结构的进一步选项,特别是指定力场类型。

Quality:指定能量计算的精度。在静电和范德华相互作用的基于珠和基于群的求和的情况下,精度水平影响Ewald求和的Ewald精度和非键截止距离。可用选项包括:

Coarse

Medium

Fine

Ultra-fine

这四个级别以更长的计算时间为代价,逐渐提供更高的准确性。


Forcefield:从下拉列表中选择一个力场。Mesocite中可用的力场有MS Martini、MS Martini 3和Shinoda2007。
除了标准力场之外,上述列表还可以用自定义力场进行补充。通过选择“Browse...“添加自定义力场,从“Forcefield“下拉列表的底部,这将显示“Choose Forcefield“对话框,允许您将自定义力场添加到列表中。
更多提供对“Mesocite准备选项”对话框的访问,该对话框包含为计算准备结构的进一步选项,特别是指定力场类型。
Quality:指定能量计算的精度。在静电和范德华相互作用的基于珠和基于群的求和的情况下,精度水平影响Ewald求和的Ewald精度和非键截止距离。可用选项包括:
Coarse
Medium
Fine
Ultra-fine
这四个级别以更长的计算时间为代价,逐渐提供更高的准确性。
可以在“Mesocite Non-Bond Options”对话框中更精确地调整此参数。
此处的“Quality”设置从“Setup”选项卡上为计算选择的总体精度级别传递。因此,更改此处的“Quality”会将计算的总体精度显示为“Customized”。
Electrostatic:从下拉列表中选择用于静电交互的求和方法。可用选项包括:
Bead based
Ewald
PPPM
van der Waals:从下拉列表中选择用于范德华交互的求和方法。可用选项包括:
Bead based
Ewald
只有当周期性结构在范围内时,静电和范德华相互作用的Ewald选项才可用。
静电相互作用的PPPM选项仅在结构为3D周期性时可用。
更多提供对“ Mesocite Non-Bond Options”对话框的访问,该对话框包含用于指定非键相互作用参数的其他选项。使用GPU时,某些选项(包括Ewald方法)不可用。有关更多信息,请参阅在GPU上运行Mesocite作业。


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