MARTINI2.0力场类型

Martini力场是一种适用于生物分子体系分子动力学模拟的粗粒化(CG，coarse-grain)力场，该力场采用系统化的方式进行参数化，结合了”自上而下”和”自下而上”两种拟合策略：非键相互作用基于再现大量化合物在极性和非极性溶剂中分配自由能的实验值，而键合相互作用则来源于参考的全原子模拟。

Martini模型采用四合一的映射方式，即平均来说，将使用一个作用中心来代表四个重原子及与其连接的氢原子。 为了保持模型简洁，只定义了四种主要的相互作用位点类型：polar(极性)，Non-polar(非极性，亲水)，Apolar(无极性，疏水)，charged(荷电)。 每种粒子类型可进一步划分为几种亚型，这样可以准确地代表分子原子结构的化学本质。

Non-polar和Apolar的区别可理解为极性/亲疏水性(polarity/hydrophilicity)，使用中表现为Lennard-Jones参数不同。

Apolar：C-type，具有很强的疏水性

Non-polar：N-type，可溶于水和有机溶剂

同时有18种亚型，比如按照成氢键能力用单字母分为（d=donor，a=acceptor，da=both，0=none）或者指示极性（1最低极性，5最高极性）