溶剂划分的问题

溶剂块代表一类模型，其中多个分子被组合成单个珠子。这对于像水、甲醇或氨这样的小分子溶剂尤其重要。在这些情况下，用单个珠子表示每个分子会抵消使用CG力场的优势。此外，考虑到分子分组的特殊情况，需要通过巧妙的选择来仔细定义用于校准的性质，如传递自由能和混相，而不仅仅是通过实验参考。例如，将溶剂珠的油/水转移自由能与一个水分子进行比较，因为不容易为动态分子簇定义一个好的实验或理论参考。另一方面，由于混相性取决于组成混合物的分子之间的集体相互作用，因此需要考虑由头部代表的分子数量来进行验证。例如，普通水珠(代表4个水分子)和苯CG模型(1个分子)的50：50(摩尔分数)二元混合物实际上应该使用20：80的比例。

目前，溶剂块中唯一被参数化的头是水(称为“W”)。

考虑到它的重要性，这个W珠子有一个特定的参数化。相对于Martini 2，珠子有一个减少的自我相互作用，避免了防冻水的必要性。与有机块中其他珠子的相互作用也适应于从Martini 2中恢复水模型的溶剂化自由能(使用公式3)。与有机和离子块(Swj)相关的水的柔软度参数为0.02纳米(与标准的Sij= 0.01纳米相比)，它模拟了一组水分子的柔软特性。最后，对于所有其他块，我们也生成了更小的水珠(称为SW和TW，分别代表三个和两个水分子)。

不同大小的水珠之间的相互作用被调整为具有理想的混相(见图1B)。此外，在所有的水分辨率下，有机块珠的溶剂化自由能都尽可能地相似。SW和TW几乎完美地与RW和它们自己混合在一起。它们在特殊情况下是有用的，在这种情况下，小腔(如蛋白质中的配体结合袋)的水合作用是必要的。