- 将原子模型映射到CG模型：根据珠子大小将分子分成合理的化学基团(构建块)：R(4个原子对1个球)，S(3个原子对1个球)和T(2个原子对1个球)。更高的分辨率可以更好地再现对称、形状和化学细节。较低的分辨率允许更简单的模型，从而提高计算效率。
- 化学珠子类型的分配：根据珠子下面的化学基团，在力场参数中选择一个类似的结构(补充表24和25，分别根据中性和带电片段的不同基团给出了化学类型的例子)。如果没有匹配的化学基团存在，则可以使用隔离片段的分区数据选择合适的头类型(补充表17、18和19)。
- 从原子数据中得到键的参数：键的距离应该遵循几何中心的规则，包括下面的氢原子。适当的力常数和附加的键合项，如角度或二面角，应根据从参考原子模拟或结构数据库中获得的结构数据进行校准。
对于Martini 3 CG模型的高级参数化，重要的是要考虑我们所说的相互作用密度：模型中的相互作用能量和珠密度(即珠的数量密度)。这个概念可以被认为类似于聚合物场论中的聚合不变度概念，聚合不变度是与给定聚合物链经历的分子间相互作用次数有关的一种度量。平衡的相互作用密度保证了Martini CG模型不仅具有合理的配分和混相性质，而且遵循正确的自相互作用和溶剂化自由能趋势。
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