绘制和选择珠子大小

线性片段和环状片段的默认映射：与以前的版本一样，只有非氢原子定义映射。4-1、3-1和2-1映射的默认选项分别是R珠、S珠和T珠。T型珠通常能更好地代表芳香环的平坦度，而S型珠则能更好地模拟脂肪环的“体积较大”形状。R是计算性能的最佳选择，其粒径相当好，可以代表具有内部柔韧性的4-1线性分子(例如脂肪链)。作为一个通用的指导方针，珠子的数量应该优化，使映射的最大不匹配是在原子结构中每10个非氢原子±1个非氢原子。

支化片段的制图：完全支化的片段(如带有季碳原子或叔胺基的片段)通常应使用较小尺寸的珠粒，因为中心原子不暴露在环境中，减少了其对相互作用的影响。例如，一个新戊烷基团包含5个非氢原子，但由于它是完全支链的，可以安全地建模为R。注意，在沸点和油水转移自由能方面，新戊烷确实更类似于丁烷而不是戊烷。

含氟和碘的有机化合物：有机氟和有机碘是光晕化合物(以x型微珠为模型)的两种极端例外。由于卤代化合物中的氟原子非常小，并且具有弱的VdW相互作用，因此我们认为在这些情况下，两个氟原子相当于一个非氢原子。另一方面，碘很大，有很强的分散相互作用，这增加了大多数含有这个重原子的化合物的自相互作用。所以，在这种情况下，每个碘原子在映射中应该算作两个非氢原子。

重原子：应仔细考虑元素周期表第4或更高周期的原子的映射和珠子大小(因为它们尚未经过测试)，并根据实验数据进行选择验证。作为默认选项，我们建议任何周期高于第3周期的原子都应算作两个非氢原子，就像碘的情况一样。含有第三周期原子的碎片或分子没有得到很好的验证(例如，硅)，可以遵循补充图6中定义的规则。

离子和带电基团：带电分子或碎片的严格映射规则也具有挑战性，因为与中性分子相比，这些系统遵循不同的趋势。附着在中性碎片上的局部带电有机基团可用q-珠子表示。在这些情况下，补充图6中总结的规则工作得相当好。对于小的、球对称的可溶性离子，映射可以从1-1(例如金属)到7-1(例如六氟磷酸盐)不等。因此，只有三种不同的头尺寸选项充其量是次优的。