角度和二面角影响CG模型的质量，因为它们控制着分子的构象灵活性。在Martini 3中，键距同样重要，因为它们将定义CG模型的体积、形状和头密度，这对力场的整体行为有重要影响。在这里，我们首先描述了获得合理好的模型的一般规则，然后描述了基于体积形状的细化。 几何中心映射：一般来说，从质心(COM)映射的原子结构获得的键距证明是不令人满意的，因为它们经常导致过高的填充密度。这是由于忽略了CG模型(例如，苯的三角形与六边形)的较低分辨率而导致的几何不匹配不考虑氢原子的体积。相反，使用基于几何中心(COG)的原子结构映射，将氢原子考虑在内，可以更好地再现分子体积和质量密度。因此，由Cog映射的原子结构获得的键距构成了在Martini 3中获得键参数的标准程序。当映射更接近原子分辨率时，即使用T-beads时，COG映射尤为重要。在4-1映射的烷烃链中，基于COM和基于COG的键距确实几乎相等。相比之下，它们在2比1映射环的情况下差别很大。例如，苯的COM键长为0.21 nm，而COG键长为0.29 nm。基于cog和基于COM的键距可以直接从原子结构中提取。因此，从COG映射的原子结构中提取的键距应该是自动参数化方案的标准，例如Auto-Martini41或PyCGtool47算法。 基于体积和形状的改进：考虑到Martini模型的CG分辨率，仅仅遵循基于COG的映射方案，无法在所有情况下获得完美匹配的密度或包装。因此，如果需要更高的精度，键距可以进一步微调。为此，溶剂可及表面积(SASA)、分子体积和形状可以作为优化键距的指标。 键合参数、力常数和排除:在Martini 3中，连接珠子之间的非键合相互作用总是被排除，无论是在默认键合项中还是在蛋白质的弹性网络中。正如Alessandri等人所证明的，在这种情况下，应该避免弱的结合力常数(低于700 kJ/mol)，因为它们可能会使分子内的CG珠靠得太近，导致与环境的相互作用过高，并造成伪影(例如，粒子彼此重叠，过度聚集)。排除也可以应用于第二或第三邻居，以帮助在某些情况下的角度和二面角分布的表示。对于环，甚至使用更高阶的不相容，这可以帮助保持它们的构象数值稳定。特别是，非虚拟粒子(见第C4节)和用于构建它们的参考珠子之间应该始终使用排斥。 要计算SASA，可以使用gromacs工具gmx SASA。对于原子参考，我们推荐Rowland和Taylor的范德华半径(vdW)。对于Martini CG分子，R-、S-和t-珠子的vdW半径分别为0.264、0.230和0.191nm。这些计算为LJ势函数最小值的位置，给定各种珠子的LJ的σ值:
其中：mol.pdb(或mol.gro或trajectory.xtc)是包含分子几何结构的文件；sasa.XVG是输出文件；-probe指定探针的大小，我们为其选择了T珠子大小。探针的大小不一定是这个，但在比较不同分子和模型的SASA值时，包括原子和CG结果的比较，必须使用相同的探针大小。指定SASA计算精度的-ndots标志应该设置为至少4800点，以获得准确的SASA值。 对于刚性分子，如小芳香环，SASA值已经计算了能量最小化的AA和CG几何形状。对于更灵活的分子，可以比较沿AA和CG轨迹的SASA值的分布。最后，还可以生成Connolly表面(surf.pdb)，以便能够在3D中可视化分子体积。这可以用下面的命令来完成： gmx sasa -s mol.pdb -o sasa.xvg -probe 0.191 -ndots 240 -q surf.pdb 请注意，为了生成surf.pdb文件更容易被VMD等可视化程序处理，用于计算的点数(-ndots)可以减少到，例如240。这样的表面可以计算AA和CG模型，如补充图7BC中的3-甲基吲哚分子。排列的表面有助于确定键距，可以根据AA和CG表面之间的差异进行优化。在http://cgmartini.nl/上提供了一个教程，其中包含更多最新的细节和示例。
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