对于最可靠的参数化，原子模拟溶液中的分子。Martini主要以Gromos为基础，但你可以使用任何你喜欢的力场。如果不存在拓扑结构，您可以使用ATB或GAFF力场来构建一个拓扑结构（这可能也是相当多的工作）。或者，如果其他人已经发表了有关分子的原子分辨率的结果，你可以将这些数据作为参考材料。 溶剂的选择很重要：分子在水性溶剂或非极性溶剂中的表现可能不同，CG模型可能无法同样好地捕捉这两者。选择一种与分子将花费大部分时间的环境相当的溶剂。如果这两种环境都很重要，你可以选择妥协，两全其美。 对于甲苯，可以使用（单击要下载的文件）运行模拟： gmx grompp -f gromos.mdp -c gromos.gro -p gromos.top -o gromos gmx mdrun -v -deffnm gromos 这使您可以模拟作为溶剂的癸烷中的单个甲苯分子。请注意，该示例中使用的1ns模拟时间足够了，因为甲苯是如此简单的分子。 需要粗粒化的物质只需要一个，目的只是搜集数据，增加多了，会增加消耗的时间。
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