这就是“粗粒化”的核心，它依赖于经验、化学知识和试错。我最喜欢的方法：在纸上画出你的分子，复制10次，然后开始画画和尝试：这就像小学一样。没有硬性规定，但以下是一些您可以使用的提示： 你必须使用表3中的珠子从原来的Martini理论进行处理。在你的分子中找到与该表中的示例片段相匹配的化学亚结构。不要担心珠子之间的键长/角度/二面角。 将分子拆分成大约4个重原子的块。对于平面或环形结构，或者当4个原子根本不适合时，使用S-珠。请记住，与其他S珠相比，S珠的半径较小，因此具有与普通珠相同的分配自由能（在水和辛醇之间）。例如，在P4溶剂（水）中的一个SC3珠粒将与C3的行为完全相同。 不要使用部分电荷。除了完整带电荷的分子外，Martini珠子是中性的（例如，在金属配体中发现的强离域电荷也可以例外）。带电荷时使用“Q”型珠子。 与现有的Martini拓扑结构进行比较。您的分子可能包含表3中未显示的化学结构。但也许其他人已经解决了这个问题，例如蛋白质、糖等。 尊重分子的对称性，在一个分子中对相同的化学基团使用相同的珠子。 |
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