新分子的参数化——对全原子力场模拟轨迹的粗粒化

使用您刚刚创建的贴图，将您在1）处进行的模拟转换为CG分辨率。有很多方法可以做到这一点：您可以使用转换工具backward.py（请参阅单独的教程）；另一种选择，在某些情况下也是简单的方法是创建一个Gromacs索引文件，其中每个索引组代表一个珠子，并包含映射的原子数。在你这样做之前，你应该意识到你感兴趣的分子可能会被轨迹文件（此处为gromos.xtc）中一个或多个帧中的周期性边界条件分割。为了解决这个问题，你应该首先转换原子轨道，使分子完整，然后进行映射。在这种情况下，我们只对甲苯感兴趣，并且可以通过只写出甲苯坐标，只选择甲苯作为输出来减少磁盘使用量。将映射的轨迹放在一个单独的目录中，例如mapped。对于甲苯运行：

mkdir MAPPED

echo 2 | gmx trjconv -s gromos.tpr -f gromos.xtc -pbc whole -o whole.xtc 

seq 0 2 | gmx traj -f whole.xtc -s gromos.tpr -oxt MAPPED/mapped.xtc -n mapping.ndx -com -ng 3

其中3是分子中CG珠的数量，“seq 0 2”避免了必须键入所有索引组。检查mapping.ndx文件，了解甲苯原子是如何组合成CG珠的。