这必须手动完成，尽管从现有itp文件中进行一些复制粘贴可能有助于获得正确的格式。您（可能）需要的不同指令有： -“[moleculetype]”：一行包含分子名称和一些排除项。Martini的标准是1。 -“[atoms]”每个原子一行，包含原子序数、珠子类型、残基编号、残基名、原子名、电荷组、电荷。小分子的残基编号和残基名都可以跟之前都相同。原子名可以自由选择。在Martini 中，每颗珠子都有自己的电荷组。电荷可以是0,1或-1。珠子质量已经预定义好了，在.itp文件中不予注明。 -“[bonds]”每条键一行，包含珠子1，珠子2，键型，平均长度，力常数。Martini的键型形式是1。键长可以设置为在步骤4中获得的平均长度。力常数应该根据键长分布的宽度来调整：窄峰用大的力常数，宽峰用小的力常数。 -“[constraints]”、“[anglers]”、“[dihedrals]”，请参阅gromacs手册以获取正确的格式。 |
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