新分子的参数化——创建CG.tpr文件

从你的轨迹中提取一帧（当然是映射它），并使用它为你感兴趣的分子创建一个tpr文件。我们需要这个.tpr文件来从映射的轨迹生成键、角和二面角的分布。创建一个top文件（包括一般的martini.itp文件和新创建的分子itp，并添加正确数量的分子（在这种情况下只有一个甲苯））。创建或下载Martini mdp文件（请参阅网站上的示例）。将cg.top、minimization.mdp和martini文件放在一个单独的目录中（已创建的MAPPED目录）：

seq 0 2 | gmx traj -f whole.xtc -s gromos.tpr -oxt MAPPED/toluene.gro -n mapping.ndx -com -ng 3 -e 0

cd MAPPED

[定义您自己的cg.top，定义甲苯分子或将其包含为itp。您还需要一个通用的Martini力场文件，例如martini_v2.0.itp（此处使用2.0版本）和一个mdp文件]

gmx grompp -f minimization.mdp -c toluene.gro -p cg.top -o cg.tpr -maxwarn 1