新分子的参数化——根据CG映射轨迹生成目标CG分布

返回绘图表，确定哪些珠子之间应该存在化学键相互作用（键长、约束、键角、常规和非常规的二面角）。从步骤3（mapped.xtc）映射到CG原子模拟，测量这些相互作用的长度/角度。要做到这一点，请使用包含（多个）CG珠对的“[bonds]”指令创建键的索引文件；对于键角“[angles]”包含三个珠子；对于二面角“[dihedrals]”包含四个珠子。编写脚本，为你感兴趣的所有键、角和二面角生成分布。对于甲苯，有三个键和三个角（围绕三角形）。索引文件bonds.ndx和angles.ndx以及用于生成所有发行版的bash脚本DOBONDEDANALYIS.sh都是如何做到这一点的示例。你当然可以使用你最喜欢的脚本工具（例如python）。最后，您也可以手工完成，仅举一个例子：

echo 0 | gmx distance -s cg.tpr -f mapped.xtc -n bonds.ndx -oall bond_0.xvg

gmx analyze -f bond_0.xvg -dist distr-bond_0.xvg -bw 0.001

gmx angle -f mapped.xtc -n angles.ndx -ov angle_0.xvg -type angle

gmx analyze -f angle_0.xvg -dist distr-angle_0.xvg -bw 1.0

要按脚本类型执行所有分析，请执行以下操作：

./DOBONDEDANALYIS.sh

在某些情况下，计算所有分布的平均值和标准差可能就足够了，但分布可能是双峰的，检查分布总是明智的！如果您使用了该脚本，那么现在目标分布在BONDDISTRIBUTIONS目录中，角度在ANGLEDISTRIBUTION目录中。使用xmgrace进行角度分布，键入：

xmgrace ANGLEDISTRIBUTIONS/dist*.xvg

这些是您希望尽可能好地复制的分布。如果它们是很好的单峰，那么在第一个martini拓扑中，可以分别将平均值作为键距和键角的参数，并对力常数进行一些合理的猜测。