新分子的参数化——创建CG模拟

从映射的轨迹中提取一帧，并将其溶解在与原子模拟相同的溶剂中。创建一个顶部文件（包括一般的Martini.itp文件和新创建的分子itp，并添加正确数量的分子（溶质和溶剂））。创建一个Martini mdp文件（请参阅网站上的示例）。模拟CG分子的初始形式（你可能必须将能量最小化，并可能在较小的时间步长（例如5fs）放松几千步）。[您可以自己准备文件，并从Martini网站收集这些文件，也可以下载itp文件marti_v2.0.itp、marti_v2.0_solvents.itp和marti_toluene.itp，然后从那里获取。]为CG系统创建一个单独的目录可能是明智的，例如take1。

cd ..

mkdir take1

cd take1

[prepare/collect your files here]

gmx grompp -f minimization.mdp -c martini.gro -p martini.top -o minimization

mdrun -v -deffnm minimization

gmx grompp -f relax.mdp -c minimization.gro -p martini.top -o relax

mdrun -v -deffnm relax

gmx grompp -f md.mdp -c relax.gro -p martini.top -o md

mdrun -v -deffnm md

在这个模拟中，测量键合的相互作用，类似于您在步骤6中对映射轨迹所做的操作。您可以使用相同的索引文件和脚本。目前，您还需要复制绑定和角度索引文件。您可以想出更经济的方法来使用脚本。

cp ../MAPPED/DOBONDEDANALYSIS.sh

cp ../MAPPED/bonds.ndx .

cp ../MAPPED/angles.ndx .

echo 2 | gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -pbc whole -o mapped.xtc

./DOBONDEDANALYSIS.sh