polymer案例——聚合物熔体的参数化: 300 K下200个含9个单体的聚乙二醇(PEG9) ...

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在本教程中，我们根据目标原子数据对PEG9分子进行Martini参数化。重点将是匹配键合构象的映射分布，以及平均密度和分子回转半径。目前，珠子类型目前只能用于匹配Martini的模块类型，而部分属性并不能很好的匹配。

本练习将涉及使用几个GROMACS工具以及一些脚本（提供了示例脚本，但请注意，它们是专门为本教程制作的，如果不进行修改，很可能无法用于参数化其他分子）。我们将处理在对新分子进行参数化时通常面临的一些问题，以及一些特定于聚合物的问题。快速阅读分子参数化教程（特别是该页面中的流程图）非常有用，因为它列出了大多数通用的Martini参数化工作流程。最后，在本教程中，我们建议使用一些文件名，但这些文件名并不具有绑定性。每个用户都可以自由地调整他们以适应他们的系统方案。

PEG的Martini模型已经发表（见Lee等人或更新的Rossi等人）。本教程的目的不是取代它们，而是提供一个参数化的示例工作流程。出于同样的原因，自动生成的拓扑被认为足以生成目标原子数据。