polymer案例——粗粒化的原子轨迹

使用所选的映射，我们可以简单地通过找到CG珠中每组原子的质心来将原子坐标集转换为CG坐标。进行这种所谓的“正向映射”有不同的方法。第一种方法使用GROMACS工具gmx traj以轨迹格式输出任意选择的质心作为时间的函数。这需要创建一个索引文件，每个珠子包含一个组，每个组列出各自的原子。正如你所能想象的，对于像我们这样的系统，这个索引文件需要一些脚本来准备，因为它将有2000个组（或者与你的映射产生的CG珠一样多）。脚本indexer.py将为您执行此操作，但对其进行编辑以了解其工作原理，并确保其参数对于您选择的映射是正确的。

python indexer.py

现在您应该已经生成了索引文件mapping.ndx。要将索引文件与gmx-traj一起使用，计算2000个组，设置-com，并将其指向PBC处理的AA轨迹、编译的拓扑结构和我们刚刚准备的索引：

seq 0 1999 | gmx traj -f AA/trajpbc.xtc -s AA/topol.tpr -oxt traj_cg.xtc -n mapping.ndx -com -ng 2000 -b 20000

gmx-traj将提示您哪些索引组对应于使用-ng所要求的2000。通过将1999年seq 0的输出输入其中，我们实现了流程自动化，并确保它们以正确的顺序输出。在这里，我们还使用了-b来丢弃前20ns作为平衡时间。gmx-traj生成一个.xtc轨迹文件trajcg.xtc。轨迹traj_cg.xtc包含映射的原子数据，并反映原子模型的粗粒度行为。为了在以后作为CG模拟的起点，也为了可视化和分析目的，还可以使用.gro文件；同样的gmx-traj命令也可以用于此目的，方法是将-b 100000设置为仅拾取最后一帧，并选择具有适当扩展名的输出文件名：

seq 0 1999 | gmx traj -f AA/trajpbc.xtc -s AA/topol.tpr -oxt cg.gro -n mapping.ndx -com -ng 2000 -b 100000