polymer案例——性质和键合分布的提取(AA)

有了映射的.xtc和.gro文件，您现在可以使用gmx距离和gmx角度来提取珠子的相关键长分布。为此，必须生成索引文件，指定要测量的键/角/二面角（请参阅每个命令的-h标志）。同样，生成数千个原子对（用于键）、三原子（用于角）或四原子（对于二面角）需要一些脚本，gen_indices.py脚本就在那里。如果您检查代码，您会注意到索引将分为_core和_term组。这些基团将涉及末端的键合相互作用与仅包含核心珠粒的键合互相作用分开。这可能是可取的，因为

a）末端的映射与分子的其余部分不同，以及

b）即使它们与核心珠一样被映射，末端也经常探索不同或更极端的键合构型。（还要注意，核心组被一分为二。这有一个实际的原因，即当指定了太多对时，gromacs工具gmx distance显然有一个错误。你可以通过现在有两个核心键的键分布样本来利用这一点…）

python gen_indices.py

现在调用每个索引组上的每个分析工具；在选择末端珠子和核心珠子时，请记住更改输出文件名，以免影响结果：

gmx distance -f traj_cg.xtc -len 0.35 -tol 0.8 -n bonds.ndx -oh bonds-1.xvg

gmx angle -n angles.ndx -f traj_cg.xtc -od angdist.xvg

gmx angle -type dihedral -n dihedrals.ndx -f traj_cg.xtc -od dihdist.xvg

稍后在尝试复制这些分发版时，您将重复运行这些相同的命令。bash脚本calc_dests.sh可以为您做到这一点；只需确保调整文件名和位置即可。