polymer案例——创建.itp文件

对于这一步骤，使用预先存在的分子的.itp作为自己的模板可能会很有用（从Martini网站上的几个模板中进行选择）。由于将有一个迭代优化过程，涉及对该文件的多次尝试，因此明智的做法是将其放置在子目录中（take0似乎是一个合适的名称）。这将防止在生成新的轨迹和分布文件时出现混乱，这些文件将与原子文件或其他迭代中的文件混合。本教程假设您将在每个take的子目录中工作。

[moleculetype]

根据[moleculetype]指令，您应该输入分子的名称。这是您将在.top文件中引用的名称。名称后面是排除非键相互作用时键合近邻的默认数量。标准的Martini过程是通过将该值设置为1，仅仅排除第一个键合近邻。如果需要更多的排除，通常最好稍后在拓扑中单独添加它们。

[atoms]

该指令定义了分子的原子性质。请记住，在我们的CG系统中，分子有10个原子（珠子）。在这一点上，原子和残基的命名并不重要（但请记住，限制为5个字符）。然而，原子类型控制着非键相互作用，是粗粒化过程的核心部分。同样，你将使用你的化学直觉和2007年Martini论文的副本来判断哪种珠子类型更能代表每个映射的部分：在论文中找到表3，以判断哪个类型的珠子能更好地代表每个映射部分。对于C-O-C映射，它可能是N*珠类型之一，而对于末端，它可能为P*珠类型中的一种。正确的选择意味着珠子与不同溶剂的相互作用遵循正确的分配能量。Martini背后的想法是，通过匹配这种分区行为，我们可以得到表中的珠子类型之间一致的非键相互作用强度。

Martini还提供所谓的S珠（SP*、SN*等）。这些是规则珠子的较小版本，可以更紧密地堆积在一起，但具有较浅的非结合能阱，可以防止它们凝固。它们通常用于比1到4精细的映射，如果系统密度太低，则在我们的情况下可能有用。请注意，这些珠子只会更靠近其他S形珠子。与规则珠子的相互作用遵循与规则珠子之间相同的势函数。对于[atoms]指令的其余部分，请确保将所有珠子设置为0.0电荷，并将每个珠子分配给自己的电荷组。将质量留空设为默认值。当粗粒化时，我们的键合参数旨在再现统计平均值，而不是真实的二次或余弦振荡的频率；因此，珠子质量的意义和重要性不如原子力场那么严格。