分子动力学模拟的步骤是什么？

建模：就是为你要计算的东西进行搭建分子模型，有了模型才能进行后续的计算

赋予势函数：模型是没有原子间的相互作用力，这个时候是需要通过描述他们之间的相互作用力的类型，大小进行表示，这个表示叫做势函数

优化结构：因为模型建出来并不是一个合理的结构，有可能会有各种各样的重叠，这个时候需要结构优化，这个也叫能量优化

赋予环境参数：就是你要模拟你的实验微观现象，这个时候肯定是有相关的实验环境因素，这些需要考虑进去

赋予运动参数：其实就是你要告诉分子应该是怎么跑，怎么计算，这个地方说清楚，所谓的跑不是你们理解的连续行为，电脑没有办法实现连续的，他只能一格一格根据运动方程及相关参数进行往前挪动

统计轨迹参数：轨迹会有很多的跑步记录数据，你不会要全部的数据，你只能去抽样选择数据，因为你搞多了也没啥意思，并且严重影响服务器处理速度，少了统计不够，影响精度

分析得到你要的数据：MD只能分析跟动力学和热力学相关的一些数据，有些数据可以通过软件直接分析，有些需要自己写脚本