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周期边界常见盒子形状

2024-6-10 21:45| 发布者: admin| 查看: 45| 评论: 0|来自: 邱新龙版《分子动力学模拟基本概念》

摘要: 常用pbc周期性边界,所以盒子必须要符合周期性,否则会出现缺失的空间下面两种对于某些大体系来说可以更好的减少溶剂这样就能使得减少了很多的计算数目提高了计算效率对于大体系来说直接用正方体或者长方体原因是因 ...
常用pbc周期性边界,所以盒子必须要符合周期性,否则会出现缺失的空间

下面两种对于某些大体系来说可以

更好的减少溶剂

这样就能使得减少了很多的计算数目

提高了计算效率

对于大体系来说直接用正方体或者长方体

原因是因为计算静电相互作用才是最耗时的

计算静电相互作用需要转换成倒空间来处理

正方体和长方体是最方便的

所以综合来说效率差不多



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