范德华作用计算-邻近列表

2024-6-11 10:03| 发布者: admin| 查看: 43| 评论: 0|来自: 邱新龙版《分子动力学模拟基本概念》

摘要: 由于分子还是在不断的运动，即便有缓冲区，他们还是会有更新，所以我们需要保障它的一个更新频率，通常来说缓冲区范围越大，更新的频率可以慢些如果是高温，由于分子运动较快，所以他的缓冲区更新频率要更高整个记录 ...

由于分子还是在不断的运动，即便有缓冲区，他们还是会有更新，

所以我们需要保障它的一个更新频率，

通常来说缓冲区范围越大，更新的频率可以慢些

如果是高温，由于分子运动较快，所以他的缓冲区更新频率要更高

整个记录下原子的说法叫做邻近列表

通常来说邻近列表的更新频率通常为10-20步

这个是LJ12-6的图，我们发现r=1nm的时候基本趋近于0

所以我们截断半径可以选择1nm，当然越大越好

邻居列表的值不能比截断半径小

在gromacs中采用verlet方法

它的截断值可以与邻居列表的值一样

可以没有必要去设置大

因为它的原理

是否重构非键作用计算列表由估算的误差判断

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