关于MD如何进行控温，首先我们需要了解什么是温度 在分子动力学模拟中，体系的温度可以通过计算粒子的平均动能来获得 根据统计力学理论，体系的温度与粒子的总动能有关 在MD中，我们不进行考虑量子效应的影响，采用的就是牛二的方法 所以E=1/2*m*v^2，利用此可以计算所有粒子平均动能 根据统计力学的理论，系统的温度T与平均动能成正比 E=3/2*kB*T 体系动能是E=1/2*3N*kB*T,其中3N是自由度，如果有限制则用3N-Nc Nc为约束自由度，所以温度也分为平动温度，转动温度，振动温度 kB为玻尔兹曼常数，其值为1.380649e-23 J/K 所以温度是这么得到的 需要注意的是 计算温度需要在一段时间内对粒子的速度进行平衡采样以获得更准确的结果 通常，在体系达到平衡状态后，取一段采样时间进行温度的计算 以获得稳定的温度值 |
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