很多人想加磁场来计算,哈哈,我不会 我只能告诉你,用DL_POLY和NAMD的源代码修改版进行使用 再考虑用这个前,大家先考虑一下为啥用这个 不然计算一大堆没有意义的东西,挺浪费钱的 比如有人问蛋白在磁场中结构如何进行变化,问为啥要这么计算 答:导师想了解了解,如果自己搞不清楚就先搞清楚再说 个人理解这个其实应该可以去做,但是你自己要先懂 因为在高磁场作用下溶剂或离子因为自身的磁矩,在受到磁场的影响,会发生一定的取向 同时蛋白上的电荷也会相互影响,使得蛋白内部结构发生变化 所以理论上认为可以做的 但是有些做个高分子材料的,纯CH类型的,不知道为啥要加磁场 并且加入磁场因为因为还会影响电子内部本身的磁矩,导致发生变化 可能会造成力场参数的失效,所以效果到底好不好,不知道 DL_POLY采用的就是施加一个外力 F = qv×B 进行处理,看网友的评论是效果不好 你们可以考虑用NAMD,我不会,我也没有时间查看相关文献 洛伦兹力是运动于电磁场的带电粒子所感受到的作用力,F=qv×B 这个力始终与离子速度垂直,虽然这个F对粒子不做功 但是会改变V,由于本身速度就在进行变化,变化的时候会改变F 然后F又要改变V,使得F与V相互影响,导致很难进行计算 所以也是觉得为啥DL_POLY的效果未必好 那么就让大家去使用一下NAMD,后续教下我 或者期待未来有更好的处理算法 |
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