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关于水模型的选择

2024-6-4 12:32| 发布者: admin| 查看: 128| 评论: 0|来自: 邱新龙版《分子动力学模拟基本概念》

摘要: 很多时候大家经常忽略的就是水模型,对于很多初学者认为水就只是单纯的H2O,三个原子,但是很多时候为了研究的需要会给水模型加上适当的虚拟点位如果你是要研究有水行为的话,你就更需要考虑清楚选择什么水模型更合 ...
 

很多时候大家经常忽略的就是水模型,

对于很多初学者认为水就只是单纯的H2O,三个原子,

但是很多时候为了研究的需要会给水模型加上适当的虚拟点位

如果你是要研究有水行为的话,你就更需要考虑清楚选择什么水模型更合适了


做常规的电池计算的时候是没有考虑水的

但是如果你在做水系电池的时候就需要考虑一下水模型了

水模型的开发很多时候是伴随着力场的开发来的

有些力场是基于第一性原理算出来的

有些是基于实验+计算拟合出来的

他们的核心目的并不是针对全部体系提供精确的计算

他们可能只是为了计算分析哪些地方能获得较为优的数值

所以水模型与力场是有搭配讲究的

当然有些你随便用也无伤大雅


CHARMM36m-TIP3P

AMBER从93到14sb—TIP3P

AMBER19SB-OPC

des-amber-TIP4PD

opls-tip4p/tip4pew

opls2.0-spc

GROMOS-SPC 

不同的软件适配水模型也是存在区别


关于水模型最好的文章链接如

https://water.lsbu.ac.uk/water/water_models.html

你们自己去网上看看,会发现他们有很多数值与实验并不相符

可能只是部分数据匹配


鲜花

握手

雷人

路过

鸡蛋

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