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冻结/固定

2024-6-11 13:19| 发布者: admin| 查看: 168| 评论: 0|来自: 邱新龙版《分子动力学模拟基本概念》

摘要: 分子动力学模拟有的时候会要求将一些原子进行固定冻结原子组的目的是使模拟系统更接近实验条件或探索特定的局部结构比如某些界面体系,因为力场有的时候难以使得表面进行稳定成为界面存在为了更好进行界面的相关行为 ...
分子动力学模拟有的时候会要求将一些原子进行固定
冻结原子组的目的是使模拟系统更接近实验条件或探索特定的局部结构
比如某些界面体系,因为力场有的时候难以使得表面进行稳定成为界面存在
为了更好进行界面的相关行为,所以我们会将这些原子进行固定/冻结
这个里面被冻结的组是固定这些原子组的(X Y Z),使其不再更新

固定原子位置,那么就会影响到维里值和压强,因为这些计算跟位置r有关

冻结了只是让位置固定不变,但是依然会进行计算相互作用

由于有相互作用的计算,本来要有位置移动,现在固定不变

这个时候会有虚假的贡献,那么我们需要将其进行排除处理

这样可以节省计算时间,

冻结原子的坐标不会通过压力耦合算法进行缩放

使用冻结如果没有排除,不要用压力耦合或者限制,因为会有问题


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